Whole Genome Sequencing revoluciona la industria de los alimentos

WGS diferencia las cepas de patógenos alimentarios que provienen de un brote de las que no, mediante la comparación de sus genomas.

Nuestra comida debe pasar pruebas que demuestren que no contiene niveles de toxinas o microorganismos que podrían causar enfermedad. Cada año, más de 420 000 personas mueren y unos 600 millones de personas en todo el mundo se enferman después de comer alimentos contaminados.

Un brote de una enfermedad transmitida por los alimentos puede alterar o destruir los medios de vida de miles de personas. Con el aumento del comercio mundial, hay un número cada vez mayor de desafíos para mantener la seguridad de los alimentos, ya que recorre grandes distancias y atraviesa fronteras.

La secuenciación del genoma completo- WGS (Whole Genomic Sequencing), es una tecnología de vanguardia que revela la composición completa del ADN de un organismo, lo que nos permite reconocer microorganismos específicos y detectar mejor las variaciones dentro y entre las especies. Esto a su vez nos permite diferenciar entre organismos con una precisión que otras tecnologías no permiten.

WGS ha transformado enormemente el campo de la epidemiología, en particular la investigación de brotes de enfermedades transmitidas por los alimentos. WGS permite la diferenciación entre las cepas de patógenos transmitidos por los alimentos que provienen de un brote de aquéllas que no, mediante la comparación de sus genomas microbianos.

Se puede establecer el origen geográfico de un patógeno debido a que la información genómica de una especie de patógeno que se encuentra en un área geográfica es diferente a la información genómica de la misma especie de patógeno que se encuentra en otra área. Sin duda una herramienta muy poderosa para rastrear la fuente de una contaminación, especialmente en alimentos de múltiples ingredientes que provienen de diferentes estados o países.

La tecnología WGS es de aplicación universal y el intercambio global de datos es esencial para aprovechar al máximo esta herramienta. Sin embargo, mientras el costo de esta tecnología está disminuyendo, no todos los países tienen los medios para adoptarla. A menudo faltan infraestructura de laboratorio y capacidades para realizar este tipo de análisis, especialmente en países menos desarrollados. Por ese motivo, la FAO (Food and Agricultural Organization) también está incentivando y apoyando a países menos desarrollados en la adopción de esta técnica.

Por otra parte, la FDA (Food and Drug Administration) de EE. UU.  encabezó un esfuerzo internacional para construir una red de laboratorios, la Genome Trakr Network, que puedan secuenciar los genomas de los patógenos y luego cargar la secuencia genómica y la ubicación geográfica desde la cual se aisló el patógeno en una base de datos de acceso público. También en Europa el uso de WGS continúa en aumento, donde dos tercios de los estados miembro ya la han adoptado.

La colaboración internacional es clave para mejorar la seguridad alimentaria, teniendo en cuenta que es necesario contar con una base de datos sólida y representativa que permita identificar en forma rápida y precisa el origen de un brote, evitando la expansión del mismo.