La prueba LAMP simplifica la detección del SARS-CoV-2

LAMP es similar a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), pero no necesita un termociclador.

La técnica resulta más sencilla y rápida que la RT-PCR.

Las pruebas para detectar la presencia del coronavirus SARS-CoV-2 basadas la tecnología RT-PCR en uso requieren contar con equipos llamados termocicladores. Estos equipos realizan una serie de ciclos de diferentes temperaturas que permiten que el RNA viral se amplifique, es decir aumente el número de copias del virus para que pueda ser detectado. 

La amplificación isotérmica mediada por bucle (loop-measured isothermal amplification-LAMP) es un proceso similar al RT-PCR, pero en lugar de utilizar una serie de cambios de temperatura para producir copias del ADN viral, la LAMP se realiza a una temperatura constante de 60-65 ° C. Esto permite realizar la prueba con un baño de agua termorregulado.

Desarrollado en Japón por un grupo de investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad de Osaka hace 20 años, la reacción LAMP se realiza en un solo tubo, a una temperatura constante. La técnica amplifica el DNA, con alta especificidad y sensibilidad variables, según los segmentos de DNA que se usen como “primers” o cebadores, y las condiciones de temperatura y tiempo de incubación. LAMP usa una DNA polimerasa y un conjunto de cuatro a seis cebadores, diseñados para reconocer un total de seis secuencias distintas en el DNA objetivo. La lectura del resultado de la prueba LAMP se puede ver a simple vista sin equipamiento especial.

Algunos laboratorios ya han publicado pre-impresiones, es decir trabajos aún no evaluados por pares, donde utilizan LAMP para detectar SARS-CoV-2.

Un trabajo realizado en Isreal se publica como preimpresión en MedRxiv  como “SARS-CoV-2 On-the-Spot Virus Detection Directly from Patients

Los autores desarrollaron RT-LAMP para la detección de RNA del SARS-CoV-2 directamente de muestras clínicas de pacientes, sin pasos de purificación del RNA viral. Se desarrolló un protocolo basado en una prueba LAMP reversa (RT-LAMP) que se aplica directamente a hisopados de nariz y garganta Tras la calibración, este método directo de RT-LAMP detectó con éxito pacientes con cargas virales medias a altas, mientras que arrojó muy pocos falsos positivos. Los siguientes pasos de desarrollo requeridos antes de la aplicación clínica son ajustes adicionales del protocolo en muestras de saliva, probados en una gran cohorte y comparados con el método estándar.

El laboratorio de Cristopher Mason en Weill Cornell Medicine, la unidad de investigación biomédica y la escuela de medicina de la Universidad de Cornell también informó el desarrollo de una prueba colorimétrica similar basada en LAMP en un ensayo rápido (30 min) que puede identificar la presencia de SARS-CoV-2 a partir de muestras orales y nasofaríngeas. El trabajo fue publicado como un preprint en bioRxiv bajo el título de “Host, Viral, and Environmental Transcriptome Profiles of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2)”.

El equipo diseñó y optimizó el ensayo rápido de LAMP para detectar la infección por SARS-CoV-2 de muestras de hisopos nasofaríngeos y lisados ​​de hisopos orofaríngeos. Cuando se probó la eficacia en 201 muestras, el ensayo tuvo una especificidad del 99% y una sensibilidad del 95%. Los resultados se validaron utilizando tanto qRT-PCR como la secuenciación total de ARN.

Se debe aún evaluar el ensayo LAMP para detectar la presencia de SARS-CoV-2 a concentraciones virales bajas pero clínicamente relevantes, en tipos de muestras que son menos engorrosos de recolectar que los hisopos nasofaríngeos / orofaríngeos, como por ejemplo, saliva, heces. La LAMP SARS-CoV2 también se puede aplicar para el muestreo ambiental, que puede ser crucial en la fase de contención de esta pandemia.

Más en Frontera

Candida auris, el “super hongo” que pasó a ser una preocupación mundial

El CDC lo identificó como una amenaza urgente para la salud pública.

La pandemia de COVID-19 duplicaría el número de personas con hambre aguda en el mundo

El World Food Programme llama a mantener la asistencia alimentaria a 100 millones de personas vulnerables.

Las infecciones intestinales podrían acelerar las enfermedades neurodegenerativas

Bacterias y parásitos influyen en el desarrollo de ciertas patologías.